Tudo vai depender das suas necessidades. O melhor é sempre estar no mais novo, mas se você usa algum módulo que ainda não é suportado pelo D6, então atualize para o D5 mais novo, se, no entanto, tudo que você precisa no seu site tem no D6, é bom migrar logo. Migrar pro D6 dá um pouco mais de trabalho e deve-se tomar um pouco mais de cuidado, mas a migração é relativamente tranquila.

Lembre-se da recomendação de sempre: faça backup de tudo antes de fazer a migração (leia-se tudo como banco de dados e arquivos).

Abrçao,

Depende dos módulos que você usa, além dos que já vem no core. Confira se os módulos adicionais já estão compatíveis com a versão 6. Caso todos os módulos que você usa estejam compatíveis, atualiza pro 6 e seja feliz. Caso contrário, atualiza pra versão 5 mais nova e seja feliz do mesmo jeito. ;)

Abraço!